Dada su ubicación geográfica y heterogéneo relieve, la cuenca del río Lempa tiene una gran variedad de ecosistemas repartidos en sus más de 2,800 metros de diferencia altitudinal y casi 18,000 kilómetros cuadrados de área repartidos entre Honduras, El Salvador y Guatemala. Estos ecosistemas representan gran parte del patrimonio natural centroamericano, albergando miles de especies que necesitan de nuestro compromiso común por la conservación de los ecosistemas terrestres y acuáticos para asegurar su supervivencia.

Bosques

Los bosques en la cuenca del Lempa están delimitados por factores climáticos, como la precipitación anual, estacionalidad de la lluvia y temperaturas; así como también por características del terreno como suelos y topografía.

En la parte alta de la cuenca del Lempa ocurren altas cadenas montañosas, con temperaturas relativamente frías y alta disponibilidad de agua. Las formaciones de esta región son bosques húmedos de montaña y bosques de coníferas (como pinos y cipreses). El bosque húmedo de montaña, como en el Parque Nacional Montecristo-Trifinio y La Reserva Biológica Güisayote, contiene gran parte del área remanente de bosque maduro en la región. Además, el bosque húmedo de montaña es considerado uno de los ecosistemas más amenazados por el cambio climático y la conversión del suelo en las regiones tropicales, dada su limitada área de cobertura actual y su susceptibilidad al aumento de temperaturas.

Siguiendo la cuenca río abajo, donde la temperatura es mayor que en el alto Lempa, el paisaje está dominado por bosques caducifolios, bosque secos y bosques de tierras bajas. En el bosque caducifolio, la vegetación está adaptada a la estacionalidad de la lluvia y los árboles pierden sus hojas en el período seco del año. Finalizando el recorrido en el Bajo Lempa, encontramos bosques adaptados a vivir en áreas costero-marinas: los manglares. desarrollan raíces aéreas que les permiten crecer en suelos inundados y toleran la salinidad del agua marina.

Humedales

La longitud combinada de los ríos y otros cauces de superficiales en el sector Trifinio de la cuenca del río Lempa es mayor a 4,500 km. El mayor de estos cauces es el río Lempa, el cual tiene su origen en las montañas del departamento de Chiquimula, Guatemala, y se extiende por Honduras hasta ingresar a El Salvador. La cuenca alta del Lempa es de suma importancia para la infiltración de agua en el suelo, la calidad del agua río abajo y la supervivencia de cientos de especies de fauna y flora que habitan ecosistemas terrestres y acuáticos en la cuenca.

Entre los ecosistemas acuáticos más importantes de la cuenca alta y media del río Lempa se encuentran el Complejo de Güija y el embalse Cerrón Grande. Ambos sitios están formados por un conjunto de humedales que se conectan entre sí durante la temporada lluviosa, cuando el incremento de la precipitación desborda los cuerpos de agua e inunda las tierras bajas aledañas; formando así 2 sistemas de humedales altamente diversos en ecosistemas acuáticos y especies. Es importante destacar que el embalse Cerrón Grande es el cuerpo de agua dulce más extenso de El Salvador, con un área de 10,200 hectáreas durante la temporada lluviosa. Tanto el embalse Cerrón Grande como el Complejo de Güija son sitios de gran importancia para aves migratorias provenientes de Norteamérica, por lo tanto, ambos sistemas de humedales están protegidos por la Convención de Ramsar.