El alcalde de San Salvador, Ernesto Muyshondt, implementó un cerco sanitario en el municipio el 20 de abril a las 6:00 a. m., con el que limitó el movimiento y permanencia de personas en el Centro Histórico de la capital, específicamente entre la 25 avenida y la 10 avenida sur, y desde la Alameda Juan Pablo Segundo hasta el bulevar Venezuela.  Esa mañana, el edil dijo que el cerco se extendería por 48 horas prorrogables. Para hacerlo efectivo, el alcalde solicitó al Gobierno central su apoyo con 100 agentes de la Policía Nacional Civil (PNC) y miembros de la Fuerza Armada, para sumarse al Cuerpo de Agentes Metropolitanos (CAM). Un día después, Muyshondt anunció que el cordón sanitario iba a extenderse por siete días más. 

Días antes de la medida, el presidente Bukele había ofrecido el apoyo de la Policía y la Fuerza Armada para acompañar a las municipalidades. Los cercos sanitarios, sin embargo, no han sido dirigidos por personal técnico del Ministerio de Salud. El asesor jurídico de la Presidencia, Javier Argueta, justifica el uso de los cuerpos de seguridad en los cercos sanitarios diciendo que "no tiene lógica que el Ministerio de Salud envíe a doctores" a resguardar la entrada y salida de municipios como La Libertad, donde también hubo un cerco sanitario - militar.